Tem alguns problemas na sua pergunta, então eu vou separar as respostas
1 - No título você pergunta se o "cliente web" vê o .htaccess:
O cliente é o seu navegador, e ele só "enxerga" o que um servidor mandar para ele. O .htaccess, por sua vez é um arquivo de configurações utilizado pelo servidor web, logo, o navegador não faz a menor ideia da existência dele.
2 - Já na descrição, você pergunta sobre mecanismos de busca:
Os mecanismos de busca vão descobrir as páginas da mesma forma que você visualizaria no navegador. Eles podem perceber algumas respostas enviadas pelos servidores e penalizar ou não a posição do seu site em um ranking, mas isso depende do mecanismo e do tipo de resposta que eles recebem. No seu caso, é bem provável que isso seja indiferente, já que a coisa mais comum é a disposição dos arquivos de um site em várias pastas e a geração de "links amigáveis" para eles.