Boa boite, para usar um cliente gráfico a melhor opção pe o Filezilla, agora se o intuito for automatização através de comandos em um script, você pode usar o pacote ncftp
$ sudo apt-get install ncftp
O ncftpd vêm com comandos que permitem você enviar arquivos ncftpput, fazer download com o comando ncftpget, listas diretórios com o ncftpls e outras funcionalidades.
Eu particularmente uso ele para que o Script de Backup faça Upload para um FTP na rede local e em seguida envie um e-mail de notificação com todas as informações para um e-mail onde são monitorados e mantidos os históricos dessas atividades.
Solução barata e muito eficaz.
Consultando conteúdo inicial de comandos binários que compoe o ncftpd:
$ dpkg -L ncftp
/.
/usr
/usr/bin
/usr/bin/ncftp3
/usr/bin/ncftpbatch
/usr/bin/ncftpbookmarks
/usr/bin/ncftpget
/usr/bin/ncftpls
/usr/bin/ncftpput
/usr/bin/ncftpspooler