Os plugins do Natron localizam-se em →
/usr/share/Natron/Plugins/natron-plugins
Creio que pode importá-los para lá e recarregá-los no programa, precisará de os mover com permissão root, pode fazer com comando mv ou via interface gráfica como root.
Uma outra maneira bem fácil é via programa importá-los, se os tiver em formato .zip.
Edit>preference>plugins>pyplug search path>add>the exracted file location
Ref: https://github.com/NatronGitHub/natron-plugins