Oi Judson,
não sei se entendi bem, veja se este comando te ajuda:
cat nomes
João da Silva
Maria Filipa dos Santos
Luis Carlos Lopes
sed 's/[ ]/, /' nomes
João, da Silva
Maria, Filipa dos Santos
Luis, Carlos Lopes
sed -E 's/^([A-Za-z]+)[ ](.*)\b([A-Za-z]+)/\3, \1 \2/' nomes
Silva, João da
Santos, Maria Filipa dos
Lopes, Luis Carlos `