Criar uma ISO personalizada pode ser bem mais difícil do que parece, mesmo com o auxílio de ferramentas como o Remaster, do nosso amigo Lobo.
Na minha opinião, a melhor opção é você fazer um backup de todas as pastas e arquivos que contenham as definições que você quer preservar, uma lista de programas a instalar e, após uma instalação básica, sem qualquer ambiente gráfico, você volta com esses arquivos e pastas para seus respectivos locais.
Essa é a minha abordagem nesse meu script em Bash de uso pessoal, compartilhado apenas com a finalidade de dar o caminho das pedras para quem quer aprender a automatizar instalações customizações.