Você pode usar o comando split para dividir os arquivos. Ex:
$ split -n 3 arquivo.zip
Isso vai dividir o arquivo.zip em 3 partes. Com os nomes xaa, xab e xac. Depois você pode usar o cat pra juntar todos esses arquivos. Ex:
$ cat xaa xab xac > arquivo.zip
* O parametro -n do comando split, é o número de partes que você quer dividir o arquivo