Você pode usar o comando unzip para descompactar arquivos .zip. Ex:
$ unzip arquivo.zip
Para compactar, você pode usar o comando zip. Ex:
$ zip arquivo.zip arquivo1 arquivo2 arquivo3
Isso vai criar o arquivo.zip com o arquivo1, arquivo2 e arquivo3 dentro dele. Se você quer compactar um diretório, você pode usar o parametro -r. Ex:
$ zip -r arquivo.zip /etc
Isso vai criar um arquivo.zip com todo o conteúdo do diretório /etc